Idea stworzenia Fundacji narodziła się po pielgrzymce Ojca Świętego do Polski w 1999 roku. Rok później, z inicjatywy Sekretariatu Konferencji Episkopatu Polski, do życia została powołana Fundacja „Dzieło Nowego Tysiąclecia” jako organizacja, której działalność ma na celu upamiętniać pontyfikat św. Jana Pawła II przez promowanie nauczania Papieża i wspieranie określonych przedsięwzięć społecznych, głównie w dziedzinie edukacji i kultury. Od marca 2005 roku Fundacja posiada status Organizacji Pożytku Publicznego. Od 2001 roku w niedzielę poprzedzającą rocznicę wyboru Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową obchodzony jest rokrocznie Dzień Papieski. Towarzyszy mu zbiórka kościelna oraz publiczna na fundusz stypendialny. W organizacji obchodów Fundację wspiera Ogólnopolski Komitet Organizacyjny. W 2001 roku Fundacja zorganizowała dla stypendystów pierwszy obóz formacyjno – integracyjny. Odbył się on w pięciu miastach: Ełku, Kołobrzegu, Przemyślu, Serpelicach nad Bugiem oraz Świętej Katarzynie. Wówczas stypendia otrzymywało 500 młodych ludzi z 5 diecezji: drohiczyńskiej, ełckiej, koszalińsko-kołobrzeskiej, przemyskiej i radomskiej. Po kilku latach, w 2007 roku, formuła obozu uległa zmianie. Jeden obóz podzielono na dwa według kategorii wiekowej: jeden dla gimnazjalistów i licealistów, a drugi dla studentów. Rok później zorganizowano jeszcze jeden obóz – dla maturzystów. Od tamtej pory każdego roku w okresie wakacyjnym organizowane są trzy obozy łącznie dla około 2300 stypendystów z całej Polski. W latach 2002 – 2015 Fundacja wraz z Uniwersytetem Jagiellońskim oraz Uniwersytetem Warszawskim organizowała Konkurs Akademicki o stypendium i indeks im. bpa Jana Chrapka. Każdego roku wydziały dziennikarskie obu uczelni przeznaczały na ten cel drogą konkursową w sumie 12 indeksów. Czternaście edycji konkursu wyłoniło 131 laureatów. Celem konkursu było upamiętnienie osoby i nauczania bp. Jana Chrapka, który zginął tragicznie w 2001 roku. Obie uczelnie wraz z Fundacją zorganizowały w 2002 roku jeszcze jeden konkurs: dla najlepszych studentów IV roku dziennikarstwa. Nagrodami były roczne staże dziennikarskie w renomowanych redakcjach, jak np. Rzeczpospolitej, Telewizji Polskiej czy Telewizji Polsat. W 2007 roku Fundacja we współpracy z czterema czołowymi w Polsce uczelniami oferującymi studia dziennikarskie zorganizowała ogólnopolską konferencję naukową „Odchodzenie Jana Pawła II w polskich mediach”, której owocem była obszerna publikacja o tym samym tytule. Osiem lat później zorganizowana została kontynuacja sesji p.t.: „Wielkość czy autorytet? Jan Paweł II w przekazach polskich mediów podczas Jego kanonizacji”. Podobnie jak w przypadku pierwszej części – owocem tej konferencji również jest publikacja, zawierająca referaty wszystkich prelegentów. Od lipca 2011 do września 2012 roku Fundacja realizowała projekt „Zrównoważony Rozwój na Rzecz Wyrównywania Szans Edukacyjnych”. Projekt współfinansowany był ze środków Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. Przedsięwzięcie zostało skierowane do maturzystów i studentów skupionych wokół programu stypendialnego Fundacji. W ramach projektu zorganizowano cztery tygodniowe obozy edukacyjne w Harcerskim Centrum Edukacji Ekologicznej w Funce oraz na Wojskowej Akademii Technicznej. Uczestnicy brali udział w kursach przygotowanych przez specjalistów. Projekt miał na celu rozszerzenie wiedzy uczestników na temat zrównoważonego rozwoju, zmian klimatu oraz ochrony różnorodności biologicznej Absolwenci programu stypendialnego postanowili zrzeszyć się w Stowarzyszenie Absolwentów Dzieło, które zostało zarejestrowane w 2012 roku. Dzięki wspólnej pracy i zaangażowaniu w 2015 roku absolwenci otworzyli pierwszy Punkt Przedszkolny „Lolek”. (Dowiedz się więcej: www.przedszkolelolek.pl; www.sa.dzielo.pl).